2026-07-17T07:02:14Z https://datacatalogue.cessda.eu/oai-pmh/v0/oai

5951237c7525251f8639152b00e8b4701e875352c28fbe2ba07431a18974e70f 2026-06-02T14:04:56Z language:svopenaire_data

Datauppsättning från konfokalmikroskopi av växtprover – ”High throughput”-karakterisering av kortikala mikrotubuli-nätverks svar på mekanisk stress. - Dataset of confocal microscopy from plant samples - High-throughput characterization of cortical microtubule arrays response to anisotropic tensile stress Swedish National Data ServiceSvensk nationell datatjänst Landing page Datauppsättning från konfokalmikroskopi av växtprover – ”High throughput”-karakterisering av kortikala mikrotubuli-nätverks svar på mekanisk stress. - Dataset of confocal microscopy from plant samples - High-throughput characterization of cortical microtubule arrays response to anisotropic tensile stress Dataset of confocal microscopy from plant samples - High-throughput characterization of cortical microtubule arrays response to anisotropic tensile stress 2022-252-1-2https://doi.org/10.5878/17te-jg54 Demes, Elsa Demes, Elsa Verger, Stéphane Verger, Stéphane Swedish National Data ServiceSvensk nationell datatjänst 2023-05-10 Landing page Cell BiologyCellbiologiDevelopmental BiologyUtvecklingsbiologiPlant BiotechnologyVäxtbioteknologiBiological SciencesBiologiAgricultural BiotechnologyBioteknologi med applikationer på växter och djurNatural SciencesNaturvetenskapAgricultural and Veterinary sciencesLantbruksvetenskap och veterinärmedicin The data set contains Tiff Z-stacks from light-grown hypocotyls and cotyledons of cortical microtubule (CMT) reporter lines either with few or no ablated cells from a time series experiment. This data set was analyzed with a new semi-automated image analysis workflow we have developed to quantify CMTs reorganization in individual cells following an ablation (https://github.com/VergerLab/MT_Angle2Ablation_Workflow). The dataset in the zip file was analyzed using the scripts on GitHub (https://github.com/VergerLab/MT_Angle2Ablation_Workflow). A step by step describes and explains all the scripts of the image analysis procedure. The intermediate data generated by the analysis method can be found on zenodo (https://zenodo.org/record/7436075#.Y5rmd-zMJF8). The documentation file Example_2D_Image.tif gives a visual representation from a typical z-stack.Datamängden innehåller Tiff Z-stackar från transgena ljusodlade hypokotyler och hjärtblad från Arabidopsis thaliana uttryckande kortikala mikrotubuli (CMT)-reporterlinjer antingen med få eller inga dödade celler från ett tidsserieexperiment. Denna datauppsättning analyserades med ett nytt halvautomatiserat arbetsflöde för bildanalys som vi har utvecklat för att kvantifiera CMT-omorganisation i enskilda celler efter en ablation. (https://github.com/VergerLab/MT_Angle2Ablation_Workflow). Datamängden i zip-filen analyserades med hjälp av skripten på GitHub (https://github.com/VergerLab/MT_Angle2Ablation_Workflow). Ett steg för steg beskriver och förklarar alla skript för bildanalysproceduren. De mellanliggande data som genereras av analysmetoden kan hittas på zenodo (https://zenodo.org/record/7436075#.Y5rmd-zMJF8). Dokumentationsfilen Example_2D_Image.tif ger en visuell representation från en typisk z-stack. Confocal microscope time series images of hypocotyls (every 20 minutes during 4 hours) were taken on microtubules reporter linesKonfokalmikroskop tidsseriebilder av hypokotyler (var 20 minut under 4 timmar) togs på mikrotubuli-reporterlinjerRecordingInspelning Access to data through SND. Data are freely accessible.Åtkomst till data via SND. Data är fritt tillgängliga. https://snd.gu.se 2022-252-1 2023-05-10T10:49:17Z ddi:codebook:2_5